Окончил медицинский факультет Московского университета (1911). Директор Петроградского психотерапевтического института (1917—1920), преподаватель в Академии коммунистического воспитания и 2-го МГУ (1923—1930). Развивая идеи психоанализа, впоследствии являлся инициатором перестройки психологии на основе марксизма. Стал одним из ведущих теоретиков педологии в СССР, с 1928 председатель Межведомственной плановой педологической комиссии при Главном управлении научными, научно-художественными и музейными учреждениями Наркомпроса РСФСР, редактор журнала «Педология».
С 1930 директор Института психологии, педологии и психотехники. Инициатор проведения съезда по изучению поведения человека. Снят с руководящих должностей за «меньшевиствующе-идеалистический эклектизм» (1931—1932). Умер от инфаркта на московской улице после собрания, на котором было зачитано постановление ЦК ВКП(б) «О педологических извращениях в системе наркомпросов» (1936).
Основные труды А. Б. Залкинда и литературу о нем см. в Научной педагогической электронной библиотеке.